В силу Правил безопасности занятий по физической культуре и спорту в общеобразовательных школах (утв. Минпросом СССР 19 апреля 1979г.)
Учащиеся, временно освобожденные от занятий физическими упражнениями, обязаны присутствовать на уроках физической культуры, при этом допускается их привлечение учителем к подготовке занятий. Временное освобождение от занятий физическими упражнениями допускается с разрешения медицинского персонала школы.
Что касается рефератов, то законодательством подобный порядок решения данного вопроса не предусмотрен.
К аттестации допустить обязаны, т.к. ребенок не выполняет требований образовательной программы в силу ограничения по медицинским показателям.
В силу ст 41 ФЗ «Об образовании В РФ»
5. Для обучающихся, осваивающих основные общеобразовательные программы и нуждающихся в длительном лечении, создаются образовательные организации, в том числе санаторные, в которых проводятся необходимые лечебные, реабилитационные и оздоровительные мероприятия для таких обучающихся. Обучение таких детей, а также детей-инвалидов, которые по состоянию здоровья не могут посещать образовательные организации, может быть также организовано образовательными организациями на дому или в медицинских организациях. Основанием для организации обучения на дому или в медицинской организации являются заключение медицинской организации и в письменной форме обращение родителей (законных представителей).
6. Порядок регламентации и оформления отношений государственной и муниципальной образовательной организации и родителей (законных представителей) обучающихся, нуждающихся в длительном лечении, а также детей-инвалидов в части организации обучения по основным общеобразовательным программам на дому или в медицинских организациях определяется нормативным правовым актом уполномоченного органа государственной власти субъекта Российской Федерации.
Обратитесь в департамент (управление) образования субъекта РФ, в прокуратуру с заявлением о правомерности действий учителя физкультуры.