Здравствуйте!
Вы что-то, похоже, не поняли ни в суде, ни на стадии следствия. Если Вас, как пишете, уговаривают переквалифицировать дело и написать заявление об отказе от применения акта об амнистии, то ни о каком прекращении дела речи не идет. Прекращение дела в связи с наличием акта об амнистии означает, что преступление Вами совершено, но Вас освобождают от наказания. Если Вам предлагают написать заявление, как Вы пишете, «об отказе об амнистии», это будет означать, что Вы не хотите прекращения дела по амнистии. Тогда следствие будет вынуждено либо прекратить дело за отсутствием состава или события преступления, либо с обвинительным заключением вновь направить в суд.
Вы знакомы с материалами дела. Решайте сами: если Ваша вина доказана, то нужно просить прекратить дело в связи с актом об амнистии. Если не доказана, тогда пишите заявление, как они просят, что Вы не согласны с применением акта об амнистии, поскольку виновным себя не считаете. Повторю: применение акта об амнистии — это не реабилитация виновного, а освобождение его от наказания.