Можно ли оформить один патент на несколько магазинов в одном субъекте РФ?

В патенте должно содержаться указание на территорию его действия.
В соответствии со ст. 346.45 НК Патентдействует на всей территории субъекта Российской Федерации, за исключением случаев, когда законом субъекта Российской Федерации определена территориядействия патентов в соответствии с подпунктом 1.1 пункта 8 статьи 346.43 настоящего Кодекса.

С 1 января 2015 г. налоговые органы могут выдавать патенты, действующие на
территории одного или нескольких муниципальных образований. Для этого в
субъекте РФ должен быть принят соответствующий закон
Т.е нужно или не нужно Вам получать еще один патент зависит от
того, является ли город, в котором, вы осуществляете деятельность, подпадающую
под патентную систему частью другого субъекта РФ и принят ли на территорииданного субъекта закон, по которому налоговые могут выдавать патенты, действующие на территории одного или нескольких муниципальных образований. Т.е город может находится в одной области, но в данном субъекте может
выдаваться патент, действующий на территории одного муниципального образования.
Согласно ст. 65 Конституции В составе Российской Федерации находятся субъекты Российской
Федерации:
Республика
Адыгея (Адыгея), Республика Алтай, Республика Башкортостан, Республика Бурятия,
Республика Дагестан, Республика Ингушетия <1>,
Кабардино-Балкарская Республика, Республика Калмыкия <2>,
Карачаево-Черкесская Республика, Республика Карелия, Республика Коми, Республика
Крым <3>,
Республика Марий Эл, Республика Мордовия, Республика Саха (Якутия), Республика
Северная Осетия — Алания <4>,
Республика Татарстан (Татарстан), Республика Тыва, Удмуртская Республика,
Республика Хакасия, Чеченская Республика, Чувашская Республика — Чувашия <5>;
Алтайский
край, Забайкальский край <6>,
Камчатский край <7>,
Краснодарский край, Красноярский край <8>,
Пермский край <9>,
Приморский край, Ставропольский край, Хабаровский край;
Амурская
область, Архангельская область, Астраханская область, Белгородская область,
Брянская область, Владимирская область, Волгоградская область, Вологодская
область, Воронежская область, Ивановская область, Иркутская область <10>,
Калининградская область, Калужская область, Кемеровская область, Кировская
область, Костромская область, Курганская область, Курская область,
Ленинградская область, Липецкая область, Магаданская область, Московская
область, Мурманская область, Нижегородская область, Новгородская область,
Новосибирская область, Омская область, Оренбургская область, Орловская область,
Пензенская область, Псковская область, Ростовская область, Рязанская область,
Самарская область, Саратовская область, Сахалинская область, Свердловская
область, Смоленская область, Тамбовская область, Тверская область, Томская
область, Тульская область, Тюменская область, Ульяновская область, Челябинская
область, Ярославская область;
Москва,
Санкт-Петербург, Севастополь <11>
— города федерального значения;
Еврейская
автономная область;
Ненецкий
автономный округ, Ханты-Мансийский автономный округ — Югра <12>,
Чукотский автономный округ, Ямало-Ненецкий автономный округ.

Муниципальное образование — городское или сельское поселение, муниципальный район, городской
округ, городской округ с внутригородским делением, внутригородской район либо
внутригородская территория города федерального значения;

В соответствии с п п. 1.п8. ст. 346.343 НК в целях установления размеров потенциально возможного к получению индивидуальным предпринимателем годового дохода по видам деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения, дифференцировать территорию субъекта Российской Федерации по территориям действия патентов по муниципальным образованиям (группам муниципальных образований), за исключением патентов на осуществление видов предпринимательской деятельности, указанных в подпунктах 10, 11, 32, 33 и подпункте 46 (в части, касающейся развозной и разносной розничной торговли) пункта 2 настоящей статьи;