Можно ли поступить в военный ВУЗ МО РФ, если я служу в пограничных войсках?

Денис, здравствуйте. Для поступления в вуз МО РФ Вам необходимо оформлять перевод из одного ведомства в другое.

Перевод военнослужащих из Вооруженных Сил Российской Федерации (из федерального органа исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба) в федеральный орган исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба (в Вооруженные Силы Российской Федерации), согласовывается руководителями соответствующих федеральных органов исполнительной власти или должностными лицами, уполномоченными ими.
Указанный перевод военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, производится в персональном порядке — с их согласия или по их просьбе.

Таким образом, если Вы самостоятельно поступили в вуз МО РФ, берется выписка из приказа о зачислении и на ее основании подается рапорт по месту службы о переводе. При этом следует иметь ввиду, что удовлетворение рапорта не является обязанностью командира. Решение вопроса будет осуществлено индивидуально.