Дмитрий, здравствуйте!
Если Вы зарегистрированы по месту жительства в Ленинградской области, то Вы вправе не регистрироваться по месту пребывания в Санкт-Петербурге. Это следует из положений ст. 5 Закона РФ от 25.06.1993 N 5242-1 «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации»
Статья 5. Регистрация гражданина Российской Федерации по месту пребывания и снятие гражданина Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания
(в ред. Федерального закона от 21.12.2013 N 376-ФЗ)
Регистрация гражданина Российской Федерации по месту пребывания производится в срок, не превышающий 90 дней со дня прибытия гражданина в жилое помещение. Регистрация по месту пребывания производится без снятия гражданина с регистрационного учета по месту жительства.
(в ред. Федерального закона от 31.12.2014 N 525-ФЗ)
Гражданин Российской Федерации вправе не регистрироваться по месту пребывания в жилом помещении, если жилое помещение, в котором он зарегистрирован по месту жительства, находится в том же или ином населенном пункте того же субъекта Российской Федерации (ч. 2).
…
Гражданин Российской Федерации вправе не регистрироваться по месту пребывания в жилом помещении, находящемся в городе федерального значения Санкт-Петербурге или в одном из населенных пунктов Ленинградской области, если он зарегистрирован по месту жительства в жилом помещении, находящемся в городе федерального значения Санкт-Петербурге или в одном из населенных пунктов Ленинградской области (ч. 4).
Если же по месту жительства Вы зарегистрированы в ином субъекте (респ. Карелия?), то зарегистрироваться по месту пребывания необходимо.
Согласно ст. 2 указанного Закона № 5242-1 место пребывания, в частности, это не являющееся местом жительства гражданина Российской Федерации жилое помещение, в котором он проживает временно.
Тот факт, что Вы периодически выезжаете (на выходные, в отпуск и т. п.) с места своего пребывания на непродолжительное время, не является основанием для нового отсчета 90-дневного периода пребывания, если только каждый раз Вы не возвращаетесь в иное жилое помещение, то есть меняете свое место пребывания.