Добрый день!
Если, как Вы утверждаете, есть разрешение на строительство, то видимо была проектная документация и осталось подписать акт ввода объекта в эксплуатацию, по каким-то причинам это не сделано.
Если, земля оформлена в собственность или аренду, то Вы на основании имеющейся документации обращаетесь в суд с заявлением о признании права собственности на дом.
В заявлении указываете ответчика (администрация, выдавшая разрешение), третьих лиц (соседей), ссылаетесь на 263 ст. ГК (если земля в собственности), если в аренде ссылаетесь на то, что Вам земля предоставлена в аренду на основании Постановления Администрации №, дата, и пользуетесь Вы ею на основании договора аренды № от, зарегистрированном в Росреестре дата.
Указываете, что застройку производили на основании разрешения выданного ответчиком, указываете причины по которым не имеете возможность зарегистрировать собственность в установленном законе порядке (то есть с подписанием акта ввода объекта в эксплуатацию и последующей регистрацией в Росреестре) и т.д.
Не забудьте оценить ответ, если нужно я дополню его.