Здравствуйте, Александр! В соответствии с п. 22 ст. 34 Положения о порядке прохождения военной службы, утверждённого Указом Президента РФ от 16.09.1999 N 1237,
восстановление на военной службе гражданина в соответствии с решением суда производится путем отмены приказа об увольнении военнослужащего с военной службы. Отмена приказа об увольнении военнослужащего с военной службы производится должностным лицом, издавшим приказ, или его прямым начальником.
То есть необходимо отменять приказ об увольнении. Технически, эта процедура признания незаконным решения об увольнении в соответствующем гарнизонном военном суде.
В Вашем случае целесообразно написать рапорт Вашему командиру части о Вашем желании служить дальше и объяснить ситуацию, возможно, документы не ушли ещё в вышестоящий штаб, и Вам смогут предложить иную должность, которая не попала под ОШМ.
С уважением, Роман