Фиктивная ли прописка, если имеет долю в этой квартире, но не проживает?

Нет. Никакой ответственности в данном случае не предусмотрено. Собственник общей долевой собственности имеет права владения, пользования и распоряжения своим имуществом (ч. 1 ст. 209 Гражданского Кодекса РФ).

Каждый вправе иметь имущество в собственности, владеть,пользоваться и распоряжатьсяим как единолично, так и совместно с другими лицами (ч. 2 ст. 35 Конституции РФ).

Ответственность собственника за фиктивную регистрацию наступает в случае, если собственник предоставляет свое жилое помещение другому гражаднину и в установленном порядке не уведомляет об этом орган регистрационного учета.

Ст. 19.15.2 Административного Кодекса РФ
Нарушение без уважительных причин нанимателем или собственником, предоставившими жилое помещение гражданину Российской Федерации, установленных законодательством Российской Федерации сроков уведомления органа регистрационного учета о проживании данного гражданина в указанном жилом помещении без регистрации либо представление в орган регистрационного учета заведомо недостоверных сведений о регистрации гражданина Российской Федерации, если эти действия не содержат признаков уголовно наказуемого деяния, — влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от двух тысяч до трех тысяч рублей; на юридических лиц — от четырех тысяч до семи тысяч рублей.
фиктивная регистрация гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства — регистрация гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства на основании представления заведомо недостоверных сведений или документов для такой регистрации, либо его регистрация в жилом помещении без намерения пребывать (проживать) в этом помещении, либо регистрация гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства без намерения нанимателя (собственника) жилого помещения предоставить это жилое помещение для пребывания (проживания) указанного лица.
Снятие гражданина РФ с регистрационного учета по месту жительства производится органом регистрационного учета, в том числе в случае выявления факта фиктивной регистрации гражданина Российской Федерации по месту жительства — на основании решения органа регистрационного учета, принятого в порядке, установленном федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным на осуществление функций по контролю и надзору в сфере миграции.