Как сдать декларацию по НДС ИП?

Необходимо также представить декларацию 3-НДФЛ Расходы ИП значительные( теплоэнергия, газ, материалы, запчасти,лизинг,оплата услуг страховых компаний и т.д.)

Какие расходы в данной ситуации можно принять? Все документы( накладные, акты) есть.

Принять вы можете все те расходы, которые относятся к ремонту. В этом и состоит суть раздельного учета, который вы обязаны вести в такой ситуации.
Если какие-то расходы относятся к обоим видам деятельности, то учитывать их нужно пропорционально (например, доходу от каждого вида деятельности).

Статья 346.26. Общие положения
7. Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом, иные виды предпринимательской деятельности, обязаны вести раздельный учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, и предпринимательской деятельности, в отношении которой налогоплательщики уплачивают налоги в соответствии с иным режимом налогообложения. При этом учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в отношении видов предпринимательской деятельности, подлежащих налогообложению единым налогом, осуществляется налогоплательщиками в общеустановленном порядке.
Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению единым налогом, иные виды предпринимательской деятельности, исчисляют и уплачивают налоги и сборы в отношении данных видов деятельности в соответствии с иными режимами налогообложения, предусмотренными настоящим Кодексом.