Обязан ли налоговый агент произвести налогоплательщику перерасчет налога на доходы физических лиц?

Здравствуйте, Татьяна!

Обязан ли работодатель вернуть удержанный НДФЛ за период январь — май 2016г

Да, работодатель должен вернуть налог, удержанный с начала года.

ОБЗОР ПРАКТИКИ РАССМОТРЕНИЯ СУДАМИ ДЕЛ, СВЯЗАННЫХ С ПРИМЕНЕНИЕМ ГЛАВЫ 23 НАЛОГОВОГО КОДЕКСА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Утвержден Президиумом Верховного Суда Российской Федерации 21 октября 2015 года
15. В случае обращения работника с заявлением о предоставлении имущественного налогового вычета, налоговый агент (работодатель) возвращает гражданину соответствующую сумму налога, удержанную с начала налогового периода (календарного года), в котором было подано такое заявление.
По результатам проведенной в отношении хозяйственного общества выездной налоговой проверки решением налоговой инспекции организация привлечена к предусмотренной статьей 123 НК РФ ответственности за ненадлежащее исполнение обязанностей налогового агента, связанных с удержанием и перечислением налога в бюджет.
Основанием к принятию решения послужило то, что в середине года работники общества представили налоговому агенту уведомление о применении имущественного налогового вычета, на основании которого организация возвратила налог, излишне удержанный с начала года. С точки зрения налогового органа, возврату работникам подлежали только суммы налога, ошибочно удержанные после получения уведомления.
Суд первой инстанции, с выводами которого согласились суды апелляционной и кассационной инстанции, признал решение налоговой инспекции недействительным, удовлетворив требования общества по следующим основаниям.
В силу положений пункта 8 статьи 220 НК РФ ряд имущественных налоговых вычетов может быть предоставлен гражданину до окончания налогового периода (календарного года) путем обращения гражданина к работодателю (налоговому агенту) с соответствующим заявлением и полученным от налоговой инспекции письменным подтверждением права на применение вычета.
При определении последствий обращения работника к налоговому агенту с таким заявлением необходимо учитывать, что исчисление сумм налога производится налоговыми агентами нарастающим итогом с начала налогового периода (года) по итогам каждого месяца применительно ко всем доходам, в отношении которых применяется налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 224 НК РФ (13 процентов), начисленным налогоплательщику за данный период, с зачетом удержанной в предыдущие месяцы текущего налогового периода суммы налога (пункт 3 статьи 226 Кодекса).
Следовательно, при обращении физического лица к работодателю с заявлением о предоставлении имущественного налогового вычета не в первом, а в одном из последующих месяцев календарного года, налог исчисляется за весь истекший с начала года период с применением имущественного налогового вычета.
Разница между суммой налога, исчисленной и удержанной до предоставления имущественного вычета, и суммой налога, определенной по установленным пунктом 3 статьи 226 НК РФ правилам, в том месяце, в котором от работника поступило заявление о предоставлении вычета, образует сумму налога, перечисленную в бюджет излишне.
На основании пункта 1 статьи 231 Кодекса излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика сумма налога подлежит возврату налоговым агентом на основании письменного заявления работника.
Следовательно, произведенный налоговым агентом возврат налога работникам является правомерным.
Довод налогового органа о возможности возврата налоговым агентом только налога, излишне удержанного по ошибке, противоречит содержанию статьи 231 НК РФ, по смыслу которой налоговый агент возвращает налогоплательщику любые суммы налога, излишне перечисленные в бюджет в результате собственных действий агента.