Должен ли я платить НДС, при продаже коммерческой недвижимости, которая использовалась в предпринимательской деятельности?

Здравствуйте. Поясните пожалуйста, а кроме ПСН Вы какую систему налогообложения использовали? Заявление о применении УСН при регистрации ИП подавали?

Олег, добрый вечер! Согласно ст. 346.43 Налогового кодекса

11. Индивидуальные предприниматели, применяющие патентную систему налогообложения,не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость,за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом:
1) при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых не применяется патентная система налогообложения;
2) при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области;
3) при осуществлении операций, облагаемых в соответствии со статьей 174.1 настоящего Кодекса.
12. Иные налоги индивидуальные предприниматели, применяющие патентную систему налогообложения, уплачивают в соответствии с законодательством о налогах и сборах, а также исполняют обязанности налоговых агентов, предусмотренные настоящим Кодексом.

поэтому боюсь что в данном случае требований налоговой правомерны

Вопрос: ИП по основному виду деятельности (комиссионная деятельность) находится на ОСН. При этом он имеет ряд магазинов, которые сдаются в аренду, по данному виду деятельности применяется ПСН. Облагается ли НДС реализация магазинов?

Ответ:

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО
от 21 октября 2015 г. N 03-07-14/60413

В связи с обращением по вопросу применения налога на добавленную стоимость при реализации нежилого помещения индивидуальным предпринимателем, применяющим патентную систему налогообложения, Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики сообщает.
В соответствии с главой 26.5 «Патентная система налогообложения» Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) данная система налогообложения применяется индивидуальными предпринимателями наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.
Подпунктом 2 статьи 346.43 Кодекса установлены виды предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется патентная система налогообложения. При этом операции по реализации нежилых помещений в данном подпункте не поименованы.
В соответствии с пунктом 11 статьи 346.43 Кодекса индивидуальные предприниматели, применяющие патентную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате при осуществлении видов предпринимательской деятельности, в отношении которых не применяется патентная система налогообложения.
Таким образом, индивидуальный предприниматель, применяющий патентную систему налогообложения, при реализации нежилого помещения обязан исчислить налог на добавленную стоимость в общеустановленном порядке.

Олег, здравствуйте. Как верно заметил коллега Власов Андрей, НДС Вам придется уплатить. Но здесь возникает ещё один вопрос: считает ли налоговая, что налог должен быть начислен на цену договора или выделен из неё (разница, как Вы понимаете, имеется).

Согласно п.17 Постановления Пленума ВАС РФ №33 от 30.05.2014г. «О некоторых вопросах, возникающих у арбитражных судов при рассмотрении дел, связанных с взиманием налога на добавленную стоимость»

По смыслу положений пунктов 1 и 4 статьи 168 НК РФ сумма налога, предъявляемая покупателю при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, должна быть учтена при определении окончательного размера указанной в договоре цены и выделена в расчетных и первичных учетных документах, счетах-фактурах отдельной строкой. При этом бремя обеспечения выполнения этих требований лежит на продавце как налогоплательщике, обязанном учесть такую операцию по реализации при формировании налоговой базы и исчислении подлежащего уплате в бюджет налога по итогам соответствующего налогового периода.

В связи с этим, если в договоре нет прямого указания на то, что установленная в нем цена не включает в себя сумму налога и иное не следует из обстоятельств, предшествующих заключению договора, или прочих условий договора, судам надлежит исходить из того, что предъявляемая покупателю продавцом сумма налога выделяется последним из указанной в договоре цены, для чего определяется расчетным методом (пункт 4 статьи 164 Кодекса).