Ответственность налогового агента - предпринимателя при покупке муниципального имущества

Здравствуйте, Анна!

Да, налоговая в данном случае права. Покупатель выступате налоговым агентом по НДС на основании п.3 ст.161 НК РФ.

Статья 161. Особенности определения налоговой базы налоговыми агентами
3.
При реализации (передаче) на территории Российской Федерации государственного имущества, не закрепленного за государственными предприятиями и учреждениями, составляющего государственную казну Российской Федерации, казну республики в составе Российской Федерации, казну края, области, города федерального значения, автономной области, автономного округа, а также муниципального имущества, не закрепленного за муниципальными предприятиями и учреждениями, составляющего муниципальную казну соответствующего городского, сельского поселения или другого муниципального образования, налоговая база определяется как сумма дохода от реализации (передачи) этого имущества с учетом налога. При этом налоговая база определяется отдельно при совершении каждой операции по реализации (передаче) указанного имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются покупатели (получатели) указанного имущества, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями. Указанные лица обязаны исчислить расчетным методом, удержать из выплачиваемых доходов и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.

Тот факт, что вы применяете спецрежим от обязанностей налогового агента не освобождает.

Налог в такой ситуации рассчитывается по расчетной ставке. То есть сумма налога выделяется из всей суммы платежа путем умножения на 18/118.

Статья 164. Налоговые ставки
4. При получении денежных средств, связанных с оплатой товаров (работ, услуг), предусмотренных статьей 162 настоящего Кодекса, а также при получении оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, предусмотренных пунктами 2 — 4 статьи 155 настоящего Кодекса, при удержании налога налоговыми агентами в соответствии с пунктами 1 — 3 статьи 161 настоящего Кодекса, при реализации имущества, приобретенного на стороне и учитываемого с налогом в соответствии с пунктом 3 статьи 154 настоящего Кодекса, при реализации сельскохозяйственной продукции и продуктов ее переработки в соответствии с пунктом 4 статьи 154 настоящего Кодекса, при реализации автомобилей в соответствии с пунктом 5.1 статьи 154 настоящего Кодекса, при передаче имущественных прав в соответствии с пунктами 2 — 4 статьи 155 настоящего Кодекса, а также в иных случаях, когда в соответствии с настоящим Кодексом сумма налога должна определяться расчетным методом, налоговая ставка определяется как процентное отношение налоговой ставки, предусмотренной пунктом 2 или пунктом 3 настоящей статьи, к налоговой базе, принятой за 100 и увеличенной на соответствующий размер налоговой ставки.

Несмотря на то, что оба платежа пошли в бюджет зачесть их на основании ст.78 нельзя. Поэтому вам нужно платить налог и писать заявление на частичный возврат суммы. Делать это вы можете в любой последовательности.