Здравствуйте.
Была похожая ситуация, когда арбитражный суд отправил исполнительный лист не в службу приставов (согласно моему заявлению), а в УФНС. Случилось это, правда, в регионе.
Помощник судьи данный факт признала, сама связалась с налоговой, попросила вернуть лист и по получении отправила куда надо.
Поскольку устранение таких казусов законом не регламентировано, постольку прежде всего напрашиваются выводы:
— писать заявление на выдачу дубликата — неправильно, т.к. подлинник листа Вами не утрачен, а ошибочно направлен судом ненадлежащему адресату с указанием ненадлежащего взыскателя;
— связаться с УФНС конечно можно, но лучше, если этим займётся суд, допустивший ошибку.
Таким образом, заявление в суд подать надо, но не о выдаче дубликата, а о выдаче оригинала, который по вине суда Вы не получили. Полагаю, что виновный сотрудник приложит максимум усилий, чтобы устранить по сути очень серьёзный косяк.