Каковы сроки оплаты штрафа (3-НДФЛ), согласно законодательству?

Добрый день! Так как вы уплатили налог уже после подачи корректировочной декларации, то штраф вам выставлен правомерно.

Ст. 81 НК РФ

4. Если уточненная налоговая декларация представляется в налоговый орган после истечения срока подачи налоговой декларации и срока уплаты налога, то налогоплательщик освобождается от ответственности в случаях:
1) представления уточненной налоговой декларации до момента, когда налогоплательщик узнал об обнаружении налоговым органом неотражения или неполноты отражения сведений в налоговой декларации, а также ошибок, приводящих к занижению подлежащей уплате суммы налога, либо о назначении выездной налоговой проверки по данному налогу за данный период, при условии, что до представления уточненной налоговой декларации он уплатил недостающую сумму налога и соответствующие ей пени;