Здравствуйте.
Я полагаю, в соответствии с буквальным содержанием положений статьи 1234 Гражданского Кодекса РФ и Правилами русской грамматики, верной будет формулировка "Размер вознаграждения за надлежащее исполнение обязанностей лицензиара по настоящему договору составляет ... ".
Такой формулировкой Вы отсылаете непосредственно к предмету договора, который в Вашем случае достаточно конкретно определен пунктом 1 статьи 1235 ГК РФ:
Статья 1235. Лицензионный договор
1. По лицензионному договору одна сторона - обладатель исключительного права на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации (лицензиар) предоставляет или обязуется предоставить другой стороне (лицензиату) право использования такого результата или такого средства в предусмотренных договором пределах.
Основание:
1) Пункт 5 статьи 1235 Гражданского Кодекса РФ: 5. По лицензионному договору лицензиат обязуется уплатить лицензиару обусловленное договором вознаграждение, если договором не предусмотрено иное.
При отсутствии в возмездном лицензионном договоре условия о размере вознаграждения или порядке его определения договор считается незаключенным.
Таким образом, именно размер вознаграждения является существенным условием лицензионного договора.
2) АКАДЕМИЯ НАУК СССР. ИНСТИТУТ РУССКОГО ЯЗЫКА. РУССКАЯ ГРАММАТИКА:
ПОДЧИНИТЕЛЬНЫЕ СВЯЗИ СУЩЕСТВИТЕЛЬНОГО
§ 1814. Существительное обладает своей собственной разветвленной системой присловных (присубстантивных) связей - согласования, управления и примыкания (неизменяемых слов и падежного примыкания). Ниже описываются все эти подчинительные связи, за исключением тех случаев, когда имя, словообразовательно соотносительное с глаголом и заключающее в себе ярко выраженное процессуальное значение, имеет глагольные подчинительные связи или определенным образом регулярно видоизменяет их; об этом см. § 1810-1812.
Во всех присубстантивных подчинительных связях - сильных и слабых - на возникающие отношения оказывает непосредственное и сильное влияние предметное значение существительного как части речи: поэтому в отношениях между существительным и любой зависящей от него формой слова всегда присутствует ярко выраженный элемент определительного значения: приезд начальника - кого? и чей?; удар об стену - обо что? и какой?; вестник победы - чего? и какой?; город ночью - когда? и какой?; крыша с аистовым гнездом - с чем? и какая?
3) Разме́р — это слово имеет несколько значений: Степень развития, величина, масштаб какого-нибудь явления. (http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%B5%D1%80)