Как правильно рассчитать ставку пени по 44-ФЗ?

Добрый день! Вопрос по 44-ФЗ, заключили контракт с Государственным бюджетным учреждением здравоохранения ЛО "...больница" (26.12.2015 г.) на выполнение строительных работ на сумму 5 491 060,20 руб. Срок исполнения до 21.03.2016 г. В срок закрыли 203 981,43 руб. Заказчик выставил пени, но рассчитал неправильно, в контракте прописано "Пеня начисляется за каждый день просрочки исполнения Подрядчиком обязательства, предусмотренного контрактом, и устанавливается в размере не менее одной трехсотой действующей на дату уплаты пени ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации от цены контракта, уменьшенной на сумму, пропорциональную объему обязательств, предусмотренных контрактом и фактически исполненных Подрядчиком", а Заказчик рассчитал по полной ставке. Контракт был исполнен 25.08.2016 г. Была также промежуточная оплата - 18.05.2016 - 2 706 441,81 руб. Подскажите, пож-та, как правильно рассчитать ставку в связи с последними изменениями, предусмотренные Законом № 307−ФЗ.?