Сергей, здравствуйте.
Тут стоит уточнить, отдельно по периодом, где и на каких должностях Вы проходили военную службу? А также в период прохождения службы в МЧС имели Вы воинское или специальное звание?
Если принять во внимание, что Вы в МЧС проходили службу в качестве сотрудника — что предполагает получение специального звания, то Вам совершенно верно исключили данный период из подсчета выслуги лет при определении продолжительности отпуска.
В частности, ст. 29 Положения о порядке прохождения военной службы определено, что
2. Продолжительность основного отпуска военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, устанавливается:
а) военнослужащим, общая продолжительность военной службы которых в льготном исчислении составляет менее 10 лет, — 30 суток;
б) военнослужащим, общая продолжительность военной службы которых в льготном исчислении составляет от 10 до 15 лет, — 35 суток;
в) военнослужащим, общая продолжительность военной службы которых в льготном исчислении составляет от 15 до 20 лет, — 40 суток;
г) военнослужащим, общая продолжительность военной службы которых в льготном исчислении составляет 20 лет и более, — 45 суток.
Понятие общая продолжительность военной службы сформулировано в ст. 3 Положения
7. Общая продолжительность военной службы военнослужащего включает в себя всевремя его военной службы, как по призыву, так и по контракту, в том числе и в случаях повторного поступления на военную службу.
Определение общей продолжительности военной службы производится в календарном исчислении.
Таким образом, для целей назначения отпуска служба в МЧС не входит.
Что касается подсчета выслуги лет в льготном исчислении за время службы по призыву. То опять же для целей назначения отпуска — этот период рассчитывается только в календарном исчислении.
Постановление Совмина СССР от 06.04.1988 N 445
«О службе военнослужащих Министерства обороны СССР, Комитета государственной безопасности СССР и Министерства внутренних дел СССР с тяжелыми и неблагоприятными климатическими условиями и в советских войсках, временно находящихся за границей»
3. Засчитывать лицам офицерского состава, прапорщикам, мичманам и военнослужащим сверхсрочной службы в выслугу лет, дающую право на пенсию, один месяц службы за полтора месяца, если им не установлены более льготные условия исчисления выслуги лет, время службы:
а) в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях;
б) в местностях СССР с тяжелыми климатическими условиями, где в соответствии с подпунктом «а» пункта 1 настоящего Постановления для лиц офицерского состава установлены сроки службы;
в) в местностях СССР с неблагоприятными климатическими условиями, где в соответствии с подпунктом «в» пункта 2 настоящего Постановления для лиц офицерского состава, прапорщиков, мичманов и военнослужащих сверхсрочной службы установлены очередные отпуска продолжительностью 45 суток.
Исчисление выслуги лет в льготном исчислении будет иметь опять же в случае выхода Вас на пенсию, где подсчет ее будет осуществляться исходя из требований Постановления Правительства РФ от 22.09.1993 N 941 «О порядке исчисления выслуги лет, назначения и выплаты пенсий, компенсаций и пособий лицам, проходившим военную службу в качестве офицеров, прапорщиков, мичманов и военнослужащих сверхсрочной службы или по контракту в качестве солдат, матросов, сержантов и старшин либо службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, и их семьям в Российской Федерации»