Как сделать, чтобы было две фамилии после регистрации брака?

Вера, здравствуйте.

Конечно, при регистрации брака Вы можете взять двойную фамилию, о чем укажете в заявлении которое подаете на регистрацию.

Федеральным законом от 15.11.1997 N 143-ФЗ (ред. от 30.03.2016) «Об актах гражданского состояния» отмечается, что

Статья 26

В совместном заявлении должны быть подтверждены взаимное добровольное согласие на заключение брака, а также отсутствие обстоятельств, препятствующих заключению брака. В совместном заявлении о заключении брака также должны быть указаны следующие сведения:
фамилия, имя, отчество, дата и место рождения, возраст на день государственной регистрации заключения брака, гражданство, семейное положение до вступления в настоящий брак (в браке не состоял, разведен, вдов), место жительства каждого из лиц, вступающих в брак;
фамилии, которые избирают лица, вступающие в брак;

Статья 28.
1. При государственной регистрации заключения брака супругам в записи акта о заключении брака по выбору супругов записывается общая фамилия супругов или добрачная фамилия каждого из супругов.
2. В качестве общей фамилии супругов может быть записана фамилия одного из супругов или, если иное не предусмотрено законом субъекта Российской Федерации, фамилия, образованная посредством присоединения фамилии жены к фамилии мужа. Общая фамилия супругов может состоять не более чем из двух фамилий, соединенных при написании дефисом.

и не возникнет ли проблем в будущем, так как у моего ребенка моя фамилия?
Вера

Нет, не возникнет. От того, что Вы изменили фамилию родственных отношений с ребенком Вы не утратили.