Высчитывают ли подоходный налог с материальной помощи?

Здравствуйте. Материальная помощь облагается НДФЛ, если превышает 4 000 руб. в год. (п. 28 ст. 217 НК РФ, п. 11 ч. 1 ст. 9 Закона от 24.07.2009 № 212-ФЗ).

То есть с суммы 50000 в вашем случае вычли 4000 руб., которые не подлежат налогообложению, и с остальной суммы исчислили налог.

Здравствуйте!

согласно статье 217 НК освобождаются от обложения НДФЛ

28) доходы, не превышающие 4000 рублей, полученные по каждому из следующих оснований за налоговый период:
…
суммы материальной помощи, оказываемой работодателями своим работникам, а также бывшим своим работникам, уволившимся в связи с выходом на пенсию по инвалидности или по возрасту;
…
31) выплаты, производимые профсоюзными комитетами (в том числе материальная помощь) членам профсоюзов за счет членских взносов, за исключением вознаграждений и иных выплат за выполнение трудовых обязанностей, а также выплаты, производимые молодежными и детскими организациями своим членам за счет членских взносов на покрытие расходов, связанных с проведением культурно-массовых, физкультурных и спортивных мероприятий;

поэтому исходя из того, что Вы говорите о мат. помощи от работодателя НДФЛ должен быть 5 980 рублей (50 000 — 4 000 х 13%).