Добрый день!
Если Вы используете материнский капитал — значит в квартире будут выделены доли всем членам семьи: Вам, мужу и детям. В самом простом варианте при разводе муж так и останется со своей долей, а Вы и дети со своими. Если он заемщик, а Вы созаемщик по договору ипотеки — соответственно платить Вы должны оба. При разводе можно разделить будущие платежи пополам, если к тому времени ипотека будет еще не погашена. То есть Вы будете обязаны платить наравне с мужем.
В суде каждый из вас вправе доказывать что потратил на приобретение квартиры больше денег и доказывать это документально. Суд будет это учитывать и может изменить размер доли квартиры каждого и размер будущих платежей за ипотеку.
Что касается первоначального взноса — то нужно заключить договор займа между Вами и супругом, в котором прописать что он занял у Вас половину суммы первого взноса и обязуется возвратить в определенный срок (или ежемесячно, смотря как Вы договорились возвращать ссуду предприятию).
Вопрос по алиментам не относится к квартире и ипотеке. При разводе, если дети останутся с Вами, муж будет платить алименты на детей.
В квартиру Вы можете прописать кого угодно, но с согласия всех собственников квартиры. Прописанный в квартире человек будет иметь право там проживать.
Другие дети и жены Вашего мужа могут претендовать на его долю в квартире после его смерти (это будет его наследством), а также он может свою долю продать или подарить после погашения ипотеки, но это нотариальная сделка, нотариус будет проверять не нарушаются ли права других собственников.