Как аннулировать не верно поданную декларацию?

Здравствуйте, Анна!
Так как уточненную декларацию вы подали, то осталось только вернуть излишне взысканный налог. Подавайте заявление по ст.79 НК РФ.

Статья 79. Возврат сумм излишне взысканных налога, сбора, пеней и штрафа
2. Решение о возврате суммы излишне взысканного налога принимается налоговым органом в течение 10 дней со дня получения письменного заявления (заявления, представленного в электронной форме с усиленной квалифицированной электронной подписью по телекоммуникационным каналам связи или представленного через личный кабинет налогоплательщика) налогоплательщика о возврате суммы излишне взысканного налога.

3. Заявление о возврате суммы излишне взысканного налога может быть подано налогоплательщиком в налоговый орган в течение одного месяца со дня, когда налогоплательщику стало известно о факте излишнего взыскания с него налога, или со дня вступления в силу решения суда.
Исковое заявление в суд может быть подано в течение трех лет считая со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о факте излишнего взыскания налога.
В случае, если установлен факт излишнего взыскания налога, налоговый орган принимает решение о возврате суммы излишне взысканного налога, а также начисленных в порядке, предусмотренном пунктом 5 настоящей статьи, процентов на эту сумму.

Нулевая декларация мы подали 18.11.2016 через Контур и в программе стоит метка, что она принята и исполнена.

Статья 88. Камеральная налоговая проверка
[Налоговый кодекс РФ] [Глава 14] [Статья 88]
1. Камеральная налоговая проверка проводится по месту нахождения налогового органа на основе налоговых деклараций (расчетов) и документов, представленных налогоплательщиком, а также других документов о деятельности налогоплательщика, имеющихся у налогового органа.

2. Камеральная налоговая проверка проводится уполномоченными должностными лицами налогового органа в соответствии с их служебными обязанностями без какого-либо специального решения руководителя налогового органа в течение трех месяцев со дня представления налогоплательщиком налоговой декларации (расчета).

3. Если камеральной налоговой проверкой выявлены ошибки в налоговой декларации (расчете) и (или) противоречия между сведениями, содержащимися в представленных документах, либо выявлены несоответствия сведений, представленных налогоплательщиком, сведениям, содержащимся в документах, имеющихся у налогового органа, и полученным им в ходе налогового контроля, об этом сообщается налогоплательщику с требованием представить в течение пяти дней необходимые пояснения или внести соответствующие исправления в установленный срок.

При проведении камеральной налоговой проверки на основе уточненной налоговой декларации (расчета), в которой уменьшена сумма налога, подлежащая уплате в бюджетную систему Российской Федерации, по сравнению с ранее представленной налоговой декларацией (расчетом), налоговый орган вправе требовать у налогоплательщика представить в течение пяти дней необходимые пояснения, обосновывающие изменение соответствующих показателей налоговой декларации (расчета).

Привел выдержки из НК, чтобы было понятнее

Но деньги все равно списали 25.11.2016.
Анна

Первичная декларация была к уплате, уплата не произведена, поэтому применена процедура принудительного взыскания в порядке 46-47 НК.

После подачи уточненной налоговой декларации, с уменьшенной суммой налога, проводится камеральная проверка в течении максимально трех месяцев, до этого времени суммы, заявленные к уменьшению, не считаются подтвержденными комплексом мероприятий и не подлежат возврату, поэтому они были списаны со счета по инкассовым поручениям.

Какие наши действия с налоговой?
Анна

Дождаться срока окончания проверки, обратиться с заявлением о возврате переплаты в порядке, установленном 78-79 НК РФ.

Если сумма значительная и ее возврат ждать не может, рекомендую записаться на прием к заместителю начальника инспекции, курирующему соответствующий отдел и объяснить ситуацию. В таком случае могут подойти индивидуально, поскольку обязанности подавать данную декларацию. у Вас не было, и завершить камеральную проверку ранее 3 месяцев.