Здравствуйте, Дмитрий!
Сразу уточнение:
оказывать для ООО услуги по разработке ПО в течение 11 месяцев.
Дмитрий
Это не услуги, а работы, потому что создаётся новый объект — программа.
Что же касается основного Вашего вопроса относительно установления цены договора.
Во-первых, на основании п. 1 ст. 317 ГК РФ денежные обязательства должны быть выражены в рублях. Это условие в принципе у Вас выполняется, потому что в итоге все равно оплата идёт в рублях.
Но вместе с тем, на основании п. 2 ст. 317-й в денежном обязательстве может быть предусмотрено, что оно подлежит оплате в рублях в сумме, эквивалентной определенной сумме в иностранной валюте или в условных денежных единицах (экю, «специальных правах заимствования» и др.). В этом случае подлежащая уплате в рублях сумма определяется по официальному курсу соответствующей валюты или условных денежных единиц на день платежа, если иной курс или иная дата его определения не установлены законом или соглашением сторон.
Так что никаких претензий к Вам быть не может. Договорные отношения — свободные отношения. Закон Вы не нарушаете.
Поэтому смело пишите в договоре, что денежные суммы будут выплачиваться в рублях, эквивалентной по сумме такому-то размеру в USD по официальному курсу ЦБ на день выплаты.
Разработка будет выполняться не законченного ПО, а доработка уже готового. Т.е. программный код будет частью другой и чужой системы. В этом случае это тоже работы?
Конечно. Потому что при «доработке» как правило, создаётся новый объект. И, кстати, если исполнитель ИП — и он же будет автором, то таком случае нужно заключать договор авторского заказа.