Как зарегистрировать самострой, если земельный участок не оформлен в собственность?

У Вас действительно нет возможности, в т.ч. в судебном порядке, так как земля под их строительство не выделялась, а сами они возведены без получения соответствующих разрешений.

Самый простой способ (если муниципалитет не против) — не отражать эти постройки в документах, сформировать и выкупить землю, а потом, уже имея землю в собственности — обратиться в суд и признать право на эти самовольные постройки.

С другой стороны — наличие на земле самовольных построек само по себе препятствием для ее выделения не является.

Вам по-хорошему остается только находить человеческий контакт с администрацией