Можно ли по генеральной доверенности получить паспорт?

Нет, пусть обращается по месту отбытия наказания.

Постановление Правительства РФ от 08.07.1997 N 828(ред. от 18.02.2014) «Об утверждении Положения о паспорте гражданина Российской Федерации, образца бланка и описания паспорта гражданина Российской Федерации»
16. В случае обращения гражданина по вопросу выдачи или замены паспорта по месту жительства паспорт выдается ему в 10-дневный срок со дня принятия документов территориальными органами Федеральной миграционной службы.
В случае обращения гражданина по вопросу выдачи или замены паспорта не по месту жительства, а также в связи с его утратой (похищением) паспорт выдается в 2-месячный срок со дня принятия документов территориальными органами Федеральной миграционной службы.
В случае представления заявления о выдаче (замене) паспорта по форме, установленной Федеральной миграционной службой, и личной фотографии в форме электронного документа с использованием федеральной государственной информационной системы «Единый портал государственных и муниципальных услуг (функций)» паспорт выдается в указанные сроки при представлении заявителем паспорта, подлежащего замене, документов, указанных в абзацах третьем и шестом пункта 11 и абзаце пятом пункта 13 настоящего Положения, и личных фотографий.
(абзац введен Постановлением Правительства РФ от 12.08.2010 N 612)
(п. 16 в ред. Постановления Правительства РФ от 20.12.2006 N 779)
17.(...)
До оформления нового паспорта гражданину по его просьбе выдается территориальным органом Федеральной миграционной службы временное удостоверение личности, форма которого устанавливается Федеральной миграционной службой.

Нет, в соответствии с приказом ФМС России от 30.11.2012 N 391(ред. от 21.01.2014) «Об утверждении Административного регламента Федеральной миграционной службы по предоставлению государственной услуги по выдаче и замене паспорта гражданина Российской Федерации, удостоверяющего личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации»

(Зарегистрировано в Минюсте России 27.05.2013 N 28532)

96. При обращении гражданина вручение паспорта производится руководителем территориального органа (подразделения) или иным должностным лицом, уполномоченным руководителем территориального органа или подразделения, которые должны:
96.1. удостовериться, что получатель паспорта является именно тем лицом, на чье имя оформлен паспорт;
96.2. предложить гражданину проверить правильность внесенных в паспорт сведений, отметок и записей. При обнаружении в паспорте неправильных сведений, отметок и записей гражданину оформляется другой паспорт. За испорченный при оформлении бланк паспорта государственная пошлина с гражданина не взимается;
96.3. предложить гражданину, получающему паспорт, возвратить временное удостоверение личности гражданина Российской Федерации по форме N 2П (приложение N 2 к Административному регламенту), если оно выдавалось;
96.4. предложить гражданину расписаться ручкой черного цвета на установленных местах на второй странице паспорта и в заявлении о выдаче (замене) паспорта по форме N 1П (приложение N 1 к Административному регламенту), с указанием фамилии, имени, отчества и даты получения паспорта;
96.5. вручить гражданину паспорт и разъяснить его обязанности по бережному хранению, о сроке действия паспорта и необходимости своевременной его замены;
96.6. возвратить гражданину ранее принятые документы, подтверждающие сведения, необходимые для получения паспорта (кроме паспорта, подлежащего замене, и квитанции об уплате государственной пошлины, при ее наличии);
96.7. передать заявление о выдаче (замене) паспорта по форме N 1П (приложение N 1 к Административному регламенту) соответствующему сотруднику для помещения его в специальную картотеку;
Максимальный срок выполнения действия — 2 минуты;
96.8. проинформировать в обязательном порядке гражданина о сборе мнений о качестве предоставления государственной услуги и возможности оценки качества предоставления государственной услуги.
(п. 96.8 введен Приказом ФМС России от 21.01.2014 N 23)