Здравствуйте, Ольга.
Получается что, у вас возникают противоречия между брачным договором и условиями получения материнского капитала, следовательно это будет решаться так, что определение долей в праве собственности на квартиру должно производиться исходя из равенства долей родителей и детей на средства материнского (семейного) капитала, потраченные на приобретение этой квартиры, а не на все средства, за счет которых она была приобретена. т.е. на основную чатсь квратиры собственником по брачному договору так и останется ваш муж, а вы с детьми только на ту часть, на которую приходилась доля от МК.
В целом запрета на имеется в указанном вами случае на использование средств МК.