Как и кому будет выставлен НДС если заказчик физическое лицо?

Добрый день! В силу ч. 2 ст. 346.11 НК РФ

организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость.

В силу ч. 1. ст. 168 НК РФ

при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав налогоплательщик (налоговый агент, указанный в пунктах 4 и 5 статьи 161 настоящего Кодекса) дополнительно к цене (тарифу) реализуемых товаров (работ, услуг), передаваемых имущественных прав обязан предъявить к оплате покупателю этих товаров (работ, услуг), имущественных прав соответствующую сумму налога.

Таким образом, начисление НДС происходит при оплате услуг путем прибавки налога к стоимости услуг (работ). Однако, если субподрядчик на упрощенке, то он не начисляет НДС к стоимости услуг.
Таким образом, Вы должны оплачивать только стоимость работ субподрядчика без НДС.
Вместе с тем, когда Вы реализуете свои услуги Заказчику, то Вы, согласно ч. 1 ст. 168 НК РФ должны начислить на сумму этих услуг НДС. Таким образом, Вы НДС должны включить в стоимость работ, выполняемых для заказчика и оплатить именно в рамках договора с Заказчиком