Здравствуйте! Если свидетельство на дом получено Вами после 01.01.2016г., то необходимо знать его кадастровую стоимость (если она есть).
5. В случае, если доходы налогоплательщика от продажи объекта недвижимого имущества меньше, чем кадастровая стоимость этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на продаваемый объект недвижимого имущества, умноженная на понижающий коэффициент 0,7, в целях налогообложения налогом доходы налогоплательщика от продажи указанного объекта принимаются равными кадастровой стоимости этого объекта по состоянию на 1 января года, в котором осуществлена государственная регистрация перехода права собственности на соответствующий объект недвижимого имущества, умноженной на понижающий коэффициент 0,7. ст. 217.1 НК РФ
Т.е. в договоре стоимость дома должна быть не менее 0.7 от кадастровой стоимости.
Стоимость земельного участка Вы можете указывать любую, т.к. он у Вас в собственности более 3х лет, доход от его продажи не будет облагаться.
Если свидетельство на дом получено до 01.01.2016г, то стоимость на дом можете указать до 1 000 000р. В таком случае налога у Вас не будет (Вы воспользуетесь вычетом в размере 1 000 000 на реализацию).
Кроме этого, Вы имеете право вместо вычета от дохода, полученного от реализации дома, отнять расходы (которые можете документально подтвердить), связанные со строительством дома. Это актуально, если 0,7 кадастровой стоимости больше 1 000 000р. и расходы также больше 1 000 000р.