Могут ли лишить гражданства, если документы не были найдены в базе УФМС?

Добрый день, Алексей.

Конституция РФ
Статья 6
1. Гражданство Российской Федерации приобретается и прекращается в соответствии с федеральным законом, является единым и равным независимо от оснований приобретения.
2. Каждый гражданин Российской Федерации обладает на ее территории всеми правами и свободами и несет равные обязанности, предусмотренные Конституцией Российской Федерации.
3. Гражданин Российской Федерации не может быть лишен своего гражданства или права изменить его.

Федеральный закон от 31.05.2002 N 62-ФЗ (ред. от 01.05.2016) «О гражданстве Российской Федерации»
Статья 18. Основания прекращения гражданства Российской Федерации
Гражданство Российской Федерации прекращается:
а) вследствие выхода из гражданства Российской Федерации;
б) по иным основаниям, предусмотренным настоящим Федеральным законом или международным договором Российской Федерации.

Федеральный закон от 31.05.2002 N 62-ФЗ (ред. от 01.05.2016) «О гражданстве Российской Федерации»
Статья 21. Выбор иного гражданства (оптация) при изменении Государственной границы Российской Федерации
При территориальных преобразованиях в результате изменения в соответствии с международным договором Российской Федерации Государственной границы Российской Федерации граждане Российской Федерации, проживающие на территории, которая подверглась указанным преобразованиям, вправе сохранить или изменить свое гражданство согласно условиям данного международного договора.

Таким образом, в вашем случае лишение гражданства невозможно.