На каком основании ООО могут снять с регистрационного учета, отражается ли это в выписке из ЕГРЮЛ?

В соответствии с пунктом 1 статьи 21.1.Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» Юридическое лицо, которое в течение последних двенадцати месяцев, предшествующих моменту принятия регистрирующим органом соответствующего решения, не представляло документы отчетности, предусмотренные законодательством Российской Федерации о налогах и сборах, и не осуществляло операций хотя бы по одному банковскому счету, признается фактически прекратившим свою деятельность (далее — недействующее юридическое лицо). Такое юридическое лицо может быть исключено из единого государственного реестра юридических лиц в порядке, предусмотренном указанным Федеральным законом

Здравствуйте, в дополнение к ответу коллеги отмечу, что в соответствии с ч.2 статьи 25 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей»

Регистрирующий орган (налоговая инспекция) вправе обратиться в суд с требованием о ликвидации юридического лица в случае допущенных при создании такого юридического лица грубых нарушений закона или иных правовых актов, если эти нарушения носят неустранимый характер, а также в случае неоднократных либо грубых нарушений законов или иных нормативных правовых актов государственной регистрации юридических лиц.

Таким образом, ликвидировать юридическое лицо и внести соответствующую запись в ЕГРЮЛ могут в случае признания регистрации юридического лица незаконной (вследствие нарушения допущенных при учреждении и регистрации организации, например по причине недействительности протокола о создании).