Здравствуйте, Ольга Александровна!
Если реконструкция не повлекла изменение внешних границ дома, то исчисление срока будет осуществляться с момента приобретения дома (с 2013 года), следовательно, вы имеете право на освобождение от налогообложения даже при изменении площади дома.
Если внешние границы дома изменились, то это рассматривается как возникновение нового объекта недвижимости. В этом случае срок будет исчисляться с момента государственной регистрации данного объекта (с 2017 года) и от налога освобождения не будет.
см.письмо Минфина России от 16.04.2013 № 03-04-05/12760