Как повлиять на генерального директора, который ущемляет права второго участника общества?

Обратимся к законодательству регулирующего деятельность Общества с Ограниченной Ответственностью:

Федеральный закон от 08.02.1998 N 14-ФЗ (ред. от 03.07.2016) «Об обществах с ограниченной ответственностью» (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.01.2017)

Статья 10. Исключение участника общества из общества

Участники общества, доли которых в совокупности составляют не менее чем десять процентов уставного капитала общества, вправе требовать в судебном порядке исключения из общества участника, который грубо нарушает свои обязанности либо своими действиями (бездействием) делает невозможной деятельность общества или существенно ее затрудняет.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ N 90, Пленума ВАС РФ N 14 от 09.12.1999 «О некоторых вопросах применения Федерального закона „Об обществах с ограниченной ответственностью“

б) под действиями (бездействием) участника, которые делают невозможной деятельность общества либо существенно ее затрудняют, следует, в частности, понимать систематическое уклонение без уважительных причин от участия в общем собрании участников общества, лишающее общество возможности принимать решения по вопросам, требующим единогласия всех его участников;

дополнительно можно обратиться к Уголовному Кодексу РФ:

Статья 201. Злоупотребление полномочиями

1. Использование лицом, выполняющим управленческие функции в коммерческой или иной организации, своих полномочий вопреки законным интересам этой организации и в целях извлечения выгод и преимуществ для себя или других лиц либо нанесения вреда другим лицам, если это деяние повлекло причинение существенного вреда правам и законным интересам граждан или организаций либо охраняемым законом интересам общества или государства,

— наказывается штрафом в размере до двухсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до восемнадцати месяцев, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до четырех лет, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до четырех лет.

Думаю рычаги воздействия Вам указал, по какому пути идти решать Вам. Могу посоветовать пойти по пути исключения участника из Общества в судебном порядке, но можно параллельно написать заявление в полицию.