Здравствуйте, Светлана!
Вы спрашиваете:"Может ли собственник жилья прописать в него лиц без права прописки в него их детей?"
Если отвечать Вам буквально на этот вопрос, то ответ отрицательный. Не может! Вы сами пишете: "любой гражданин постоянно прописанный имеет право прописать несовершеннолетнего ребенка без согласия собственника". Да, это так, поскольку согласно п. 2 ст. 20 ГК РФ местом жительства несовершеннолетних детей, не достигших четырнадцатилетнего возраста, является место жительство их законных представителей — родителей, усыновителей, опекунов.
Наличие регистрации (прописки) не порождает права на жилье. Оно порождает лишь право на проживание — не более того. Поэтому никакой доли никому Вы не обязаны выделять. Мало того, если они откажутся выписаться, новый собственник снимет их с регистрации в судебном порядке. Будет лучше, если в договоре аренды отдельным пунктов Вы предусмотрите их обязанность сняться с регистрации по первому Вашему требованию.