Как снять запрет ФССП на перерегистрацию авто?

К сожалению, Вам необходимо пообщаться с владельцем автомобиля, он сможет только снять это ограничение или оформлять доверенность от его имени чтобы могли делать действия по снятию и прочее. Но это затраты на саму доверенность и время. Проще и лучше пообщаться с ним.
Приказ МВД России от 24.11.2008 N 1001 «О порядке регистрации транспортных средств» пункт 45. Регистрационные действия с транспортными средствами, на которые судами, следственными, таможенными органами, органами социальной защиты населения либо другими органами в случаях и порядке, предусмотренных законодательством Российской Федерации, были введены запреты или ограничения по изменению права собственности, могут производиться после представления документов, выданных соответствующими органами и свидетельствующих об отсутствии указанных запретов или ограничений, либо документов, указанных в пункте 44 настоящих Правил, если иной порядок не предусмотрен законодательством Российской Федерации.
В целом схема снятия запретов и ограничений с авто такова: 
1) Выясняем, какая именно мера и за что было применена. Это можно сделать несколькими способами: заочно через сайты ГИБДД и ФССП или лично посетив МРЭО, в котором вам выдадут копию соответствующего постановления о наложении той или иной запретительной меры.
2) Изучаем документ, убеждаемся, что нарушение, ставшее причиной запрета или ограничения, действительно было допущено. Если вы не согласны с постановлением, его следует обжаловать. Если же все верно, необходимо устранить причину запрета и оплатить допущенную задолженность.
3) Получаем постановление о снятии ограничительной меры на авто в том органе, который ее применил.
4) В целях оперативного решения вопроса лучше не дожидаться, пока отменивший запрет орган отправит документы в ГИБДД (это может быть очень нескоро, а то и вовсе могут забыть), а самостоятельно отвезти туда копию платежного документа и копию постановления о снятии запрета.