Обеспечат лишь в том случае, если будете признаны нуждающимися в жилых помещениях. При этом будет учитываться общая площадь жилья, имеющаяся у супруги, так как она является членом вашей семьи. Если ее будет хватать по учетной норме населенного пункта, где будете признаваться нуждающимся, на всех членов семьи, то соответственно не признают. Если будет не хватать, то признают, но лишь в части недостающих квадратов.
В настоящее время разрабатывается законопроект о несении изменений в ст. 15 ФЗ «О статусе военнослужащих», если его примут и вы к этому моменту будете продолжать служить, то тогда получите жилье на себя и детей. Имущество супруги при этом не будет учитываться.
В вашем случае надо было не торопиться изначально с приобретением супругой жилья по НИС, а дождаться, когда вы получите жилье/субсидию на себя и детей, а потом ей воспользоваться накоплениями по НИС.