Как выкупить участок, выделенный из того, который у меня в аренде?

Здравствуйте, Алексей!

Если приводите статьи и пункты, нужно указывать кодифицированный акт. У нас десятки кодексов и сотни тысяч прочих законов, которые состоят из статей и пунктов. Можно лишь предположить, что речь идет о Земельном кодексе. Ниже я цитирую приведенные Вами нормы из этого Кодекса. Сами прочтите п. 2 и подпункт 9 ст. 39.3. и поймете, почему Вам отказали. 

Статья 39.3. Случаи продажи земельных участков, находящихся в государственной или муниципальной собственности, на торгах и без проведения торгов

2. Без проведения торгов осуществляется продажа:

9) земельных участков, предназначенных для ведения
сельскохозяйственного производства и переданных в аренду гражданину или
юридическому лицу, этому гражданину или этому юридическому лицу по истечении
трех лет с момента заключения договора аренды с этим гражданином или этим
юридическим лицом либо передачи прав и обязанностей по договору аренды
земельного участка этому гражданину или этому юридическому лицу при условии
отсутствия у уполномоченного органа информации о выявленных в рамках
государственного земельного надзора и неустраненных нарушениях законодательства
Российской Федерации при использовании такого земельного участкав случае, если
этим гражданином или этим юридическим лицом заявление о заключении договора купли-продажи такого земельного участка без проведения торгов подано до дня истечения срока указанного договора аренды земельного участка; (в ред. Федерального закона от 03.07.2016 N 336-ФЗ)

Так вот, было ли Вами подано такое заявление до дня истечения срока договора аренды земельного участка? Если да, то отказ, получается, незаконный.