Какую лучше систему налогообложения выбрать: ОСНО, УСН или ЕНВД – что выгодней?

Скажите а патент организациям нельзя использовать?

И еще в каких случаях организация быдет платить торговый сбор и сколько или где это можно посмотреть?

Скажите а патент организациям нельзя использовать?

Нет. ПСН может применяться только ИП. Не организациями:

Статья 346.43. Общие положения
Патентная система налогообложения применяется индивидуальными предпринимателями наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.

И еще в каких случаях организация быдет платить торговый сбор и сколько или где это можно посмотреть?

Да. Торговый сбор уплачивать нужно. Но налог на УСН уменьшается на сумму сбора:

Статья 346.21. Порядок исчисления и уплаты налога
8. В случае осуществления налогоплательщиком вида предпринимательской деятельности, в отношении которого в соответствии с главой 33 настоящего Кодекса установлен торговый сбор, налогоплательщик в дополнение к суммам уменьшения, установленным пунктом 3.1 настоящей статьи, вправе уменьшить сумму налога (авансового платежа), исчисленного по итогам налогового (отчетного) периода по объекту налогообложения от указанного вида предпринимательской деятельности, зачисляемую в консолидированный бюджет субъекта Российской Федерации, в состав которого входит муниципальное образование (в бюджет города федерального значения Москвы, Санкт-Петербурга или Севастополя), в котором установлен указанный сбор, на сумму торгового сбора, уплаченного в течение этого налогового (отчетного) периода.
Положения настоящего пункта не применяются в случае непредставления налогоплательщиком в отношении объекта осуществления предпринимательской деятельности, по которому уплачен торговый сбор, уведомления о постановке на учет в качестве плательщика торгового сбора.

Ставки установлены в Законе г. Москвы от 17.12.2014 N 62 (ред. от 23.11.2016) «О торговом сборе»