Можно ли одобрить данный протокол разногласий?

Если не прошло 5 дней то можно вносить изменения в контракт.

Статья 70. Заключение контракта по результатам электронного аукциона

Путеводители по закупкам. Вопросы применения ст. 70

 
1. По результатам электронного аукциона контракт заключается с победителем такого аукциона, а в случаях, предусмотренных настоящей статьей, с иным участником такого аукциона, заявка которого на участие в таком аукционе в соответствии со статьей 69 настоящего Федерального закона признана соответствующей требованиям, установленным документацией о таком аукционе.
2. В течение пяти дней с даты размещения в единой информационной системе указанного в части 8 статьи 69 настоящего Федерального закона протокола заказчик размещает в единой информационной системе без своей подписи проект контракта, который составляется путем включения цены контракта, предложенной участником электронного аукциона, с которым заключается контракт, информации о товаре (товарном знаке и (или) конкретных показателях товара), указанной в заявке на участие в таком аукционе его участника, в проект контракта, прилагаемый к документации о таком аукционе.
3. В течение пяти дней с даты размещения заказчиком в единой информационной системе проекта контракта победитель электронного аукциона размещает в единой информационной системе проект контракта, подписанный лицом, имеющим право действовать от имени победителя такого аукциона, а также документ, подтверждающий предоставление обеспечения исполнения контракта и подписанный усиленной электронной подписью указанного лица. В случае, если при проведении такого аукциона цена контракта снижена на двадцать пять процентов и более от начальной (максимальной) цены контракта, победитель такого аукциона предоставляет обеспечение исполнения контракта в соответствии с частью 1 статьи 37 настоящего Федерального закона, обеспечение исполнения контракта или информацию, предусмотренные частью 2 статьи 37 настоящего Федерального закона, а также обоснование цены контракта в соответствии с частью 9 статьи 37 настоящего Федерального закона при заключении контракта на поставку товара, необходимого для нормального жизнеобеспечения (продовольствия, средств для скорой, в том числе скорой специализированной, медицинской помощи, оказываемой в экстренной или неотложной форме, лекарственных средств, топлива).
4. Победитель электронного аукциона, с которым заключается контракт, в случае наличия разногласий по проекту контракта, размещенному в соответствии с частью 2 настоящей статьи, размещает в единой информационной системе протокол разногласий, подписанный усиленной электронной подписью лица, имеющего право действовать от имени победителя такого аукциона. При этом победитель такого аукциона, с которым заключается контракт, указывает в протоколе разногласий замечания к положениям проекта контракта, не соответствующим извещению о проведении такого аукциона, документации о нем и своей заявке на участие в таком аукционе, с указанием соответствующих положений данных документов.

вообще странная ситуация, если ИП действовал по доверенности, то он не мог подавать заявку от своего имени. Ни один из членов семьи не мог подать заявку на всю квартиру. Коллективные заявки 44 ФЗ не предусматривает, такая возможность есть только в рамках 223ФЗ. Вы незаконно приняли заявку и незаконно признали ее победившей. Необходимо результаты отменять и проводить аукцион заново. Естественно один из членов семьи не может быть стороной контракта и ИП не может быть стороной контракта.