Добрый день, Виталий.
С учетом того, что Вы всегда подавали отчетность по УСН и налоговая ее принимала, то из этого следует, что Вы перешли на УСН, даже если сейчас не сможете доказать, что подавали заявление.
Уже имеется судебная практика, которая признает такие ситуации в пользу налогоплательщика, что мол раз налоговая принимала и не возражала, значит была уведомлена о том, что налогоплательщик применяет УСН:
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ АРБИТРАЖНЫЙ СУД МОСКОВСКОГО ОКРУГА
ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 17 января 2013 г. по делу N А40-132242/11-90-550
Суд кассационной инстанции полагает, что выводы судов основаны на верном толковании норм налогового законодательства — ст. ст. 346.11 и 346.13 НК РФ.
Согласно п. 1 ст. 346.11 Кодекса упрощенная система налогообложения организациями и индивидуальными предпринимателями применяется наряду с общей системой налогообложения (общим режимом налогообложения), установленной законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.
Переход к упрощенной системе налогообложения или возврат к общему режиму налогообложения осуществляется организациями и индивидуальными предпринимателями добровольно в порядке, предусмотренном настоящей главой.
При этом п. 2 ст. 346.13 НК РФ установлено, что вновь созданные организации и вновь зарегистрированные индивидуальные предприниматели, изъявившие желание перейти на упрощенную систему налогообложения, вправе подать заявление о переходе на упрощенную систему налогообложения одновременно с подачей заявления о постановке на учет в налоговых органах.
В этом случае указанная система применяется в текущем календарном году с момента создания организации или с момента регистрации физического лица в качестве предпринимателя.
Поскольку переход на упрощенную систему налогообложения при соблюдении установленных статьями 346.11 — 346.13 Кодекса условий осуществляется организациями и индивидуальными предпринимателями добровольно, судами сделан обоснованный вывод о том, что отсутствие заявления налогоплательщика о переходе на эту систему налогообложения, при совершении иных действий, свидетельствующих о применении данной системы с момента государственной регистрации юридического лица, не влечет запрета в применении спорной системы налогообложения и возникновение обязанностей по представлению налоговых деклараций по налогам, подлежащим уплате по общей системе налогообложения.
Также судами правомерно учтено, что заявитель не относится к налогоплательщикам, указанным в пп. 14 п. 3 ст. 346.12 Кодекса, которые не вправе применять упрощенную систему налогообложения, что согласуется с правовой позицией Высшего Арбитражного Суда РФ, изложенной в Постановлении Президиума от 7 октября 2008 N 6159/08.
При этом суд кассационной инстанции полагает подлежащими применению в рассматриваемом деле положений п. 7 ст. 3 НК РФ, в соответствии с которым все неустранимые сомнения, неясности и противоречия в актах законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика, поскольку правовые последствия неподачи налогоплательщиком в налоговый орган заявления о возможности применения упрощенной системы налогообложения, Налоговым кодексом РФ не определены.
При изложенных обстоятельствах выводы судебных актов об отсутствии у общества обязанности по представлению налоговых деклараций по НДС и налогу на прибыль организаций являются правильными.
Поэтому пишите письмо со ссылкой на законы и практику на имя начальника инспекции и обосновывайте, что Вы имели право применять УСН.
