Можно ли оплачивать неустойку за нарушение сроков поставки по договору ГИ с отдельного счёта?

Марина, Вы можете оплачивать с любого счёта, значение имеет правильное указание в платежном поручении основания платежа и осуществление оплаты надлежащим лицом ( стороной по договору).