Что нужно указать в контракте с муниципальными учреждениями, чтобы отчет приняли по ЕНВД?

К сожалению, в случае осуществления Вами поставок товаров (оказания услуг) для государственных или муниципальных нужд, применение ЕНВД невозможно. 

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ в письме от 5 апреля 2016 г. N 03-11-06/3/19246 указало, что:

Предпринимательская деятельность в сфере реализации товаров, осуществляемая на основании договоров поставки либо на основании иных договоров гражданско-правового характера, содержащих признаки договора поставки, независимо от формы расчетов с покупателями не подлежит переводу на систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности и должна облагаться налогами в рамках иных режимов налогообложения.
Размещение заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных или муниципальных нужд и нужд бюджетных учреждений, регулируется Федеральным Законом от 5 апреля 2013 года N 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» (далее — Федеральный закон).
Пунктом 8 статьи 3 Федерального закона определено, что государственный контракт, муниципальный контракт — договор, заключенный от имени Российской Федерации, субъекта Российской Федерации (государственный контракт), муниципального образования (муниципальный контракт) государственным или муниципальным заказчиком для обеспечения соответственно государственных нужд, муниципальных нужд.
Под гражданско-правовым договором бюджетного учреждения на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг понимается договор, заключаемый от имени бюджетного учреждения.
Пунктом 2 статьи 525 ГК РФ признается, что к отношениям по поставке товаров для государственных или муниципальных нужд применяются правила о договоре поставки (статьи 506 — 522 ГК РФ), если иное не предусмотрено правилами ГК РФ.
Договор поставки по муниципальному контракту, а также по гражданско-правовому договору бюджетного учреждения не носит признаков публичности в отличие от договора розничной купли-продажи.
Договор поставки по муниципальному контракту согласно Федеральному закону заключается в соответствии с результатами проведения конкурсов, аукционов, запросов котировок на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг конкретным заказчикам.
Следовательно, деятельность по реализации товаров, в том числе бюджетным и некоммерческим организациям, на основе договоров поставки или по государственным (муниципальным) контрактам относится к предпринимательской деятельности в сфере оптовой торговли, к которой применяется общий режим налогообложения или упрощенная система налогообложения.