Должен ли ИП платить налог за физлицо-заказчика при работе по договору?

Здравствуйте, Артем!

Договор составлен так, что получается я исполнитель, а физ лицо заказчик. При использовании полученной услуги от меня, физлицо получает при этом деньги с моего счета, за вычетом моего %.

Вы не совсем понятно описали вашу схему. То есть вы — исполнитель и для исполнения заказа привлекаете физлицо? В этом случае, между вами возникают правоотношения по возмездному оказанию услуг. 

Вы должны не только удерживать и уплачивать за него НДФЛ, но также и платить обязательные страховые взносы. 

Если хотите избежать этого — составляйте агентский договор, где вы будете выступать в роли агента.