Как снять с учета нежилое помещение, имеющее 2 кадастровых номера?

Здравствуйте! В вашем случае имеет место кадастровая ошибка.  Сведения в реестре должны соответствовать техническим и правоустанавливающему документам.

Ошибка исправляется в порядке статьи 61 ФЗ О регистрации недвижимости

Техническая ошибка (описка, опечатка, грамматическая или арифметическая ошибка либо подобная ошибка), допущенная органом регистрации прав при осуществлении государственного кадастрового учета и (или) государственной регистрации прав и приведшая к несоответствию сведений, содержащихся в Едином государственном реестре недвижимости, сведениям, содержащимся в документах, на основании которых вносились сведения в Единый государственный реестр недвижимости (далее — техническая ошибка в записях), исправляется по решению государственного регистратора прав в течение трех рабочих дней со дня обнаружения технической ошибки в записях или получения от любого заинтересованного лица заявления об исправлении технической ошибки в записях либо на основании вступившего в законную силу решения суда об исправлении технической ошибки в записях. Орган регистрации прав в течение трех рабочих дней со дня исправления технической ошибки в записях уведомляет соответствующих участников отношений, возникающих при государственной регистрации прав, об исправлении технической ошибки в записях. Исправление технической ошибки в записях осуществляется в случае, если такое исправление не влечет за собой прекращение, возникновение, переход зарегистрированного права на объект недвижимости.
2. Порядок представления и форма заявления об исправлении технической ошибки в записях, а также требования к формату заявления об исправлении технической ошибки в записях в форме электронного документа устанавливаются органом нормативно-правового регулирования.
3. Воспроизведенная в Едином государственном реестре недвижимости ошибка, содержащаяся в межевом плане, техническом плане, карте-плане территории или акте обследования, возникшая вследствие ошибки, допущенной лицом, выполнившим кадастровые работы, или ошибка, содержащаяся в документах, направленных или представленных в орган регистрации прав иными лицами и (или) органами в порядке информационного взаимодействия, а также в ином порядке, установленном настоящим Федеральным законом (далее — реестровая ошибка), подлежит исправлению по решению государственного регистратора прав в течение пяти рабочих дней со дня получения документов, в том числе в порядке информационного взаимодействия, свидетельствующих о наличии реестровых ошибок и содержащих необходимые для их исправления сведения, либо на основании вступившего в законную силу решения суда об исправлении реестровой ошибки. Исправление реестровой ошибки осуществляется в случае, если такое исправление не влечет за собой прекращение, возникновение, переход зарегистрированного права на объект недвижимости.
(в ред. Федерального закона от 03.07.2016 N 361-ФЗ)
4. В случаях, если существуют основания полагать, что исправление технической ошибки в записях и реестровой ошибки может причинить вред или нарушить законные интересы правообладателей или третьих лиц, которые полагались на соответствующие записи, содержащиеся в Едином государственном реестре недвижимости, такое исправление производится только по решению суда. В суд с заявлением об исправлении технической ошибки в записях и реестровой ошибки также вправе обратиться орган регистрации прав.
5. Уведомления об исправлении технической ошибки в записях и реестровой ошибки направляются органом регистрации прав правообладателям в течение трех рабочих дней со дня внесения соответствующих изменений в Единый государственный реестр недвижимости в форме и в порядке, которые установлены органом нормативно-правового регулирования.
6. Орган регистрации прав при обнаружении реестровой ошибки в описании местоположения границ земельных участков принимает решение о необходимости устранения такой ошибки, которое должно содержать дату выявления такой ошибки, ее описание с обоснованием квалификации соответствующих сведений как ошибочных, а также указание, в чем состоит необходимость исправления такой ошибки. Орган регистрации прав не позднее рабочего дня, следующего за днем принятия данного решения, направляет его заинтересованным лицам или в соответствующие органы для исправления такой ошибки. Порядок и способы направления органом регистрации прав данного решения в форме электронного документа с использованием информационно-телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе сети «Интернет», включая единый портал, устанавливаются органом нормативно-правового регулирования. Суд по требованию любого лица или любого органа, в том числе органа регистрации прав, вправе принять решение об исправлении реестровой ошибки в описании местоположения границ земельных участков.
7. По истечении шести месяцев со дня направления указанным в части 6 настоящей статьи лицам решения о необходимости устранения реестровой ошибки в сведениях Единого государственного реестра недвижимости о местоположении границ земельного участка орган регистрации прав вправе внести изменения в сведения Единого государственного реестра недвижимости о местоположении границ и площади такого земельного участка без согласия его правообладателя. Изменение в Едином государственном реестре недвижимости сведений о местоположении границ земельного участка при исправлении реестровой ошибки в случае, указанном в настоящей части, осуществляется органом регистрации прав с учетом сведений, содержащихся в правоустанавливающих документах, с использованием картографической основы в порядке, установленном органом нормативно-правового регулирования. При этом площадь земельного участка после изменения сведений о местоположении границ земельного участка в связи с исправлением реестровой ошибки в случае, указанном в настоящей части, может отличаться от площади земельного участка, сведения о которой содержатся в Едином государственном реестре недвижимости не более чем на пять процентов.
8. В течение пяти рабочих дней со дня исправления реестровой ошибки в случае, указанном в части 7 настоящей статьи, орган регистрации прав обязан уведомить об этом правообладателя земельного участка в порядке и способами, которые установлены органом нормативно-правового регулирования.
9. Споры, возникающие в связи с исправлением реестровой ошибки в случае, указанном в части 7 настоящей статьи, рассматриваются в судебном порядке.