Проехал перекресток, когда загорелся желтый сигнал на светофоре, правомерно ли не сдан экзамен в ГАИ?

Как ни обидно, но инспектор прав.

При совершении любого маневра водитель обязан оценить обстановку и возможность совершения маневра не только применительно к пространству, но и применительно ко времени, за которое этот маневр может быть совершен.

В Вашем случае Вы могли выехать на перекресток, хотя и на зеленый знак светофора, только в том случае, если обстановка на дороге позволяла со уверенностью 100% завершить пересечение перекрестка. Если имелся хоть какой-нибудь затор сразу за перекрестком, выезжать не следовало.

Вы экзамен сдавали, а не просто ехали.

Сергей, здравствуйте! 

Нарисуйте схему движения и прикрепите её файлом. Может Вы что-то не так объяснили? По Вашему рассказу самому инструктору надо сдавать на права. 

Добрый вечер!

13.8 ПДД. При включении разрешающего сигнала светофора водитель обязан уступить дорогу транспортным средствам, завершающим движение через перекресток, и пешеходам, не закончившим переход проезжей части данного направления.

6.14. Водителям, которые при включении желтого сигнала или поднятии регулировщиком руки вверх не могут остановиться, не прибегая к экстренному торможению в местах, определяемых пунктом 6.13 Правил, разрешается дальнейшее движение.

В любом случае, въезжали Вы на зелёный, другие автомобили должны были Вас пропустить. 

Если бы Вы остановились на мигающий зелёный, 99%, что Вам бы сказали «и чего ты тормозишь, проехать бы успел и ещё 10 машин за тобой, создаёшь препятствия другим ТС- не сдал».