Можно ли взять два целевых направления в мед ВУЗы в разные города?

Здравствуйте! В принципе это невозможно и в законе об этом указания нет, поскольку это очевидно. 

Но если все же предположить, то как Вы себе представляете исполнение Ваших обязательств (по трудоустройству, например) по  заключенным в дальнейшем договорам целевого обучения?

В соответствии с ч. 7 ст. 56 Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации»:

7. Гражданин, не исполнивший обязательства по трудоустройству, за исключением случаев, установленных договором о целевом обучении,обязан возместить в полном объеме органу или организации, указанным в части 3 настоящей статьи, расходы, связанные с предоставлением ему мер социальной поддержки, а также выплатить штраф в двукратном размере относительно указанных расходов. 

В данной ситуации у Вас есть выбор: либо вы берете направление от Департамента здравоохранения либо от Роспотребнадзора и уже впоследствии заключаете договор целевого обучения с одной организацией, осуществляющей целевой прием.