Здравствуйте, Павел.
Коллеги всё подробно расписали, посоветовав Вам в итоге провести досудебные процедуры и обратиться в суд.
В целом я согласен. Но исход этого дела представляется очевидным исходя из следующего.
Здесь налицо, на мой взгляд, конфликт двух правовых норм разной юридической силы.
Таможенный Кодекс Таможенного Союза, по сути, является международным соглашением.
В то же время, ФЗ "О статусе военнослужащих" - Федеральный закон РФ.
То есть, ФЗ - это правовой акт более низкого уровня, чем МД, в том числе и Таможенный Кодекс Таможенного союза.
Теперь смотрим статью 11 Гражданского процессуального Кодекса РФ:
Статья 11. Нормативные правовые акты, применяемые судом при разрешении гражданских дел
1. Суд обязан разрешать гражданские дела на основании Конституции Российской Федерации, международных договоров Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, нормативных правовых актов Президента Российской Федерации, нормативных правовых актов Правительства Российской Федерации, нормативных правовых актов федеральных органов государственной власти, конституций (уставов), законов, иных нормативных правовых актов органов государственной власти субъектов Российской Федерации, нормативных правовых актов органов местного самоуправления. Суд разрешает гражданские дела, исходя из обычаев делового оборота в случаях, предусмотренных нормативными правовыми актами.
2. Суд, установив при разрешении гражданского дела, что нормативный правовой акт не соответствует нормативному правовому акту, имеющему большую юридическую силу, применяет нормы акта, имеющего наибольшую юридическую силу.
3. В случае отсутствия норм права, регулирующих спорное отношение, суд применяет нормы права, регулирующие сходные отношения (аналогия закона), а при отсутствии таких норм разрешает дело, исходя из общих начал и смысла законодательства (аналогия права).
4. Если международным договором Российской Федерации установлены иные правила, чем те, которые предусмотрены законом, суд при разрешении гражданского дела применяет правила международного договора.
5. Суд в соответствии с федеральным законом или международным договором Российской Федерации при разрешении дел применяет нормы иностранного права.
Полагаю, что в данном случае суд встанет не на Вашу сторону.
Единственная, на мой взгляд, надежда на Ваш выигрыш, содержится в практике, приведенной в ответе коллеги Дружкина Максима Алексеевича.
Желаю успехов.