Александр, здравствуйте.
В принципе, без разницы, как Вы сделаете. Возможен как трехсторонний договор, так и по отдельности.
ГК РФ Статья 420. Понятие договора
1. Договором признается соглашение двух или нескольких лиц об установлении, изменении или прекращении гражданских прав и обязанностей.
2. К договорам применяются правила о двух- и многосторонних сделках, предусмотренные главой 9 настоящего Кодекса, если иное не установлено настоящим Кодексом.
При этом на основании ст.421 ГК РФ
3. Стороны могут заключить договор, в котором содержатся элементы различных договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами (смешанный договор). К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре, если иное не вытекает из соглашения сторон или существа смешанного договора.
Что касается сложностей при регистрации в ГИБДД, я их тут не вижу никаких сложностей, основанием будет один договор, а не два разных.
Составляйте в трех экземплярах по одному для каждой из сторон.
Заказать составление договора Вы можете и на данном сайте любому юристу, обратившись в соответствущий раздел сайта, либо обратившись в чат.