Как поставить авто на учет, если не совпадает номер двигателя с указанным в ПТС?

Доброе утро!
Отказ в регистрации автомобиля со стороны ГИБДД правомерен.
Регистрация может быть возможна после предоставления документов о покупке и замене двигателя. 
Также Вы имеете право потребовать от продавца путем направления претензии расторжения договора купли-продажи, возвращения уплаченной за автомобиль суммы и возмещения расходов. В случае отказа в удовлетворении требований, Вы имеете право заявить аналогичные требования в судебном порядке.

Приказ МВД России от 07.08.2013 N 605
«Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по регистрации автомототранспортных средств и прицепов к ним»

24. Государственная услуга не предоставляется по следующим основаниям:

обнаружены признаки скрытия, подделки, изменения, уничтожения идентификационных номеров транспортных средств, номеров узлов и агрегатов (кузова, рамы, кабины, двигателя) идентифицирующих транспортное средство, <1> либо подделки представленных документов, несоответствия транспортных средств и номерных агрегатов сведениям, указанным в представленных документах, или регистрационным данным, а также при наличии сведений о нахождении транспортных средств, номерных агрегатов в розыске или представленных документов в числе утраченных (похищенных), за исключением транспортных средств с измененной маркировкой транспортных средств и номерных агрегатов в результате естественного износа, коррозии, ремонта или возвращенных собственникам или владельцам после хищения, при условии их идентификации;