Законность нахождения в помещении без договора аренды

Александр добрый день!

ООО договор аренды помещения с городом без права субаренды
ООО не ведёт никакой деятельности вообще

Необходимо начать с того, что для каких целей по договору сдавалось помещение, что предусмотрено договором. Раз ООО арендует помещение, то деятельность по факту уже ведется. 

ГК РФ Статья 615. Пользование арендованным имуществом

  1. Арендатор обязан пользоваться арендованным имуществом в соответствии с условиями договора аренды, а если такие условия в договоре не определены, в соответствии с назначением имущества.

2. Арендатор вправе с согласия арендодателя сдавать арендованное имущество в субаренду (поднаем) и передавать свои права и обязанности по договору аренды другому лицу (перенаем), предоставлять арендованное имущество в безвозмездное пользование, а также отдавать арендные права в залог и вносить их в качестве вклада в уставный капитал хозяйственных товариществ и обществ или паевого взноса в производственный кооператив, если иное не установлено настоящим Кодексом, другим законом или иными правовыми актами. В указанных случаях, за исключением перенайма, ответственным по договору перед арендодателем остается арендатор.

В помещении находятся компьютеры и телефоны, по всему понятно что работа имеет минимальное отношение к складскому хранению

Абсолютно не следует, что в помещении не могут находится компьютеры и телефоны. Сотрудники ИП могут работать также по совместительству в ООО, как например бухгалтер, сотрудник охраны, нач.отдела материально-технического обсепечения и тп. По договору представляется вы обязаны сохранять имущество (помещение), для этого у вас должны быть силы и средства. В том, числе возможно заключение договор с   организациями предоставляющими охранные услуги, клининговые  и тп. Что в целом предусматривает нахождение сотрудников данных организаций на вашей территории.