Какие проблемы могут возникнуть при регистрации РО в Москве?

Добрый день! РО это Вы имеете ввиду Религиозная организация?? Если так, то Религиозная организация относится к некоммерческим организациям  и регистрируется в управлении министерства юстиции. Причины отказа в регистрации указаны в законе, если у Вас не будет данных указанных в законе причин, то подводных камней и проблем быть не должно.

Федеральный закон от 26.09.1997 N 125-ФЗ (ред. от 06.07.2016) «О свободе совести и о религиозных объединениях»

Статья 12. Отказ в государственной регистрации религиозной организации

 
1. Религиозной организации может быть отказано в государственной регистрации в случаях, если:
цели и деятельность религиозной организации противоречат Конституции Российской Федерации и законодательству Российской Федерации — со ссылкой на конкретные статьи законов;
создаваемая организация не признана в качестве религиозной;
устав и другие представленные документы не соответствуют требованиям законодательства Российской Федерации или содержащиеся в них сведения не достоверны;
в едином государственном реестре юридических лиц ранее зарегистрирована организация с тем же наименованием;
учредитель (учредители) неправомочен.
2. В случае отказа в государственной регистрации религиозной организации о принятом решении в письменной форме сообщается заявителю (заявителям) с указанием оснований отказа. Отказ по мотивам нецелесообразности создания религиозной организации не допускается. Отказ в государственной регистрации религиозной организации, а также его уклонение от такой регистрации могут быть обжалованы в суд.
(в ред. Федерального закона от 21.03.2002 N 31-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)