Чем я рискую при покупке квартиры, которая находится в залоге у банка?

Ипотека (залог) является способом обеспечения обязательства Застройщика перед банком, т. е. в случае невыполнения Застройщиком своих обязательств банк имеет право обратить взыскание на квартиру, т. е. продать ее. 

1. Имущество, заложенное по договору об ипотеке, может быть отчуждено залогодателем другому лицу путем продажи, дарения, обмена, внесения его в качестве вклада в имущество хозяйственного товарищества или общества либо паевого взноса в имущество производственного кооператива или иным способом лишь с согласия залогодержателя, если иное не предусмотрено договором об ипотеке.

так гласит статья 37 ФЗ Об ипотеке. 

Соответственно, если Вы оплатите квартиру по договору переуступки доли (если дом еще не сдан) или по договору купли-продажи (если дом сдан), то для банка Вы становитесь должником (ст. 38 ФЗ об ипотеке):

1. Лицо, которое приобрело заложенное по договору об ипотеке имущество в результате его отчуждения или в порядке универсального правопреемства, в том числе в результате реорганизации юридического лица или в порядке наследования, становится на место залогодателя и несет все обязанности последнего по договору об ипотеке, включая и те, которые не были надлежаще выполнены первоначальным залогодателем.

Просто оплатив квартиру без договора купли-продажи, Вы отдаете свои деньги Застройщику и надеетесь лишь на его честное слово. Вы с трудом, а скорее всего не сможете, взыскать с него деньги как неосновательное обогащение, в случае не передачи Вам квартиры, так как Вы знали об отсутствии у застройщика обязательств перед Вами (отсутствие договора). 

Вариант только один: дождитесь снятия обременения, потребуйте у Застройщика справку из ЕГРН о снятии такого обременения и только потом покупайте квартиру по договору купли-продажи.